行頭や行末に文字を捩じ込む場合、replace-regexが使えます。
行末に「,」と入れたい場合は
M-x replace-regex RET $ RET , RET
です。
色々応用が効きますが...独特な正規表現ルールに従わないといけません。
くわしくはコチラ
例えば...次のようなファイルよりerb文の中身を抽出したい場合
<% hogehoge %> <% ABCDEFGH %> <% 12345678 %>
...こうします。
M-x replace-regex ^<%\s-\([[:alnum:]]+\)\s-%>$ RET \1 RET