cocoa EmacsさんはデフォではSHELLの設定を拾いに行ってくれません。
というわけで、xmpfilterのような、外部スクリプトを呼び出すもので不具合がでます。
これを解決するのがexec-path-from-shellです。
いつも通りelpaで当該elを突っ込んだ後、
init.elに以下のように追記*1、M-x eval-bufferします。
;; load environment variables (when (memq window-system '(mac ns)) (require 'exec-path-from-shell) (exec-path-from-shell-initialize))
exec-path-from-shellは起動毎にShellを呼び出すようです。
よって、若干起動が遅くなります。
頻繁に起動している人は注意が必要ですね。