iPhoneでとった動画はMOV形式になります。
お客に展開する際、windows環境だとマトモに出なかったりしますね。
恥ずかしながらオンラインツールでやってたのですが……ffmpegコマンドをつかえば、一発でいけます。
実際のところ
デフォ設定でinputfile.MOVをoutput.mp4に変換するスクリプトは以下の通り。
$ ffmpeg -i /path/to/inputfile.MOV /path/to/output.mp4
レートや画面サイズを設定するオプションや音を消すオプションもあるので、
"ffmpeg --help"で調べてみると面白いです。