rosdep installをrootでやってしまい、通常ユーザーで実行ができなくなってしまいました。
これを解消するサブコマンドとして、その名もfix-permissionsというのがあります。
実際のところ
rootからubuntuに入れ替え、権限を弄る流れは以下の通り
# cd ~/catkin_ws # su ubuntu $ sudo rosdep fix-permissions Recursively changing ownership of ros home directory '/home/ubuntu/.ros' to 'ubuntu:ubuntu' (current user)... Done.