Ubuntu上に環境変数を頻繁に弄る必要があるときは、
VirturalBoxに構築してあげると何かと便利です。
もちろん、バージョン管理ツールを使うのも手なのですが
色々入り組んでいる場合、その調査は不毛です。
修士論文用研究のように時間との勝負である場合、
環境変数の解析のために数日を破壊するのはあまりにも残念すぎます。
この方法の別の利点として、環境を丸ごと人に渡せる事も挙げられます。
パソコン初心者に環境変数の概念を教えるのは中々骨が折れます。
ここで、バーチャルボックスの環境が先方にあれば講習の手間が減ります。
まだ試していませんが、仮想イメージに対してバージョン管理ツールを使えば
ある時点での開発状態を丸々再現……なんて事もできるかもしれません。
(11/6追記)
そんな末恐ろしいことをしなくても、スナップショットという仮想ディスクを丸々バックアップしてくれる素敵機能があります。